Program NEIS Report je ovládaný funkciami vo forme tlačidiel. Podľa typu používateľom vybranej zostavy sa objaví rôzna kombinácia tlačidiel.

Pri výbere základnej zostavy program umožňuje zmeny zapamätať cez tlačidlo Uložiť ako do novej zostavy, ktorú voláme Zostava používateľa. Pri výbere zostavy používateľa sú ovládacie funkcie doplnené. Program umožňuje zmeny vo vlastných zostavách zapamätať cez tlačidlá Uložiť, Uložiť ako, zostavu Vymazať,  načítať vo formáte  HTML cez Stiahnuť zostavu, odoslať elektronickou poštou tlačidlom E-MAIL. Funkcie tlačidiel sú podrobne popísané v podkapitolách Popisu.